أُنشئ المركز في شهر جمادى الآخرة 1425 هـ الموافق شهر يونيو 2004م، تحت عنوان المركز الوطني للسكري والغدد الصماء، وتم تغيير اسمه في تاريخ 23 رمضان 1435هـ الموافق 20 يوليو 2014م ليكون أكثر شمولية.
ويُقدم المركز خدماته لكافة المرضى المنومين أو المراجعين في العيادات الخارجية، بالإضافة إلى تقديم الاستشارات وعلاج السمنة، وأمراض الغدد الصماء والاستقلاب. ويلعب المركز دوراً وقائياً ويتعامل مع الحالات المتقدمة من السمنة المفرطة ومرضى السكري لتجنب الإصابة بأمراض أخرى.
